Z KSeF można korzystać przy użyciu:
- programów finansowo-księgowych, o ile są zintegrowane z KSeF (integracja przez API),
- bezpłatnych narzędzi Ministerstwa Finansów, dostępnych na stronie ksef.podatki.gov.pl tj.
- dostępnej online Aplikacji Podatnika KSeF (umożliwiającej korzystanie z systemu, zarządzanie uprawnieniami, tokenami i docelowo również certyfikatami KSeF, podgląd faktur oraz pobranie UPO);
- Aplikacji Mobilnej KSeF (zapewniającej wygodne i szybkie wystawianie i odbieranie faktur w systemie przy użyciu smartfona, podgląd faktur oraz utworzenie wersji roboczej faktury)
Z KSeF można też korzystać przez e-mikrofirmę dostępną w e-Urzędzie Skarbowym. Dzięki powiązaniu istniejącego konta z KSeF podatnik może wystawiać i odbierać faktury w systemie oraz przenosić je bezpośrednio do ewidencji VAT, bez konieczności ręcznego przepisywania danych.